日本石龜為日本特有種，他們棲息在日本國內流動的溪澗，河流，溝渠，以及其它的水體中，且在山間清涼的溪澗和池塘內，其水流湍急而冷冽。

　　日本石龜需要經過3-5年才能性成熟，性成熟的龜在每年的5-10月為交配期，5-6月為產卵期，每次產卵5-8枚，卵呈白色，長橢圓形，孵化期為70天左右.雌龜將卵產在相對較為干燥的巢穴中，一窩產4-10枚卵。而每季它們可以生產1-3窩。這些卵常被浣熊，鼬鼠和四紋蛇之類的掠食者吃掉。它們的孵化期為45天。