博氏巨蜥體色為黑褐色，有黑色條紋或網目狀斑紋遍布全身，腹部顏色稍淺，剛出生幼體體色鮮明，并有明顯寬條紋帶，隨年齡成長逐漸呈現斷裂，尾部截面成圓形，具盤繞物體的功能，長度約與軀干長相等或更長。具尾長、發達之四肢及趾爪等特征，有助適應樹棲生活。頭短吻部細長，圓狀鼻孔位于眼睛至吻部中間。頭部與頸部上方鱗片平滑，至身體后鱗脊狀，四肢掌鱗呈黑色狀鼓起。雄性的頭較雌性大，尾部更寬。其中又以羅蒂島的個體體色比較出色，會呈現藍色的斑點，是帝汶巨蜥中最受歡迎的一種。歐美國家所繁殖的個體多半是羅蒂島(Roti)的藍斑個體，其他島嶼的帝汶巨蜥也都在體色上有所差異而呈現黃、紅等色澤。帝汶巨蜥屬于小型巨蜥，體長60～70厘米左右，鼻孔呈圓形，且靠近吻端處，個體體色有區域性的差異，比較典型為身體上遍布白色和黃色不規則狀的斑點，幼體的體色相當鮮艷，成體體色轉為較暗。